Fundusz europejski

Omics Data Science - Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych (edycja III)

Ostatnia aktualizacja: 24.01.2022 r.

Formularz Rekrutacji na stronie Akademii ICM [dostępny od 25.01.2022, 9:00 do 08.02.2022 do 24:00]

O kursie

Współczesna medycyna coraz częściej korzysta w badaniach klinicznych i w postępowaniu terapeutycznym z wiedzy, która umożliwia spersonalizowanie leczenia i zastosowanie terapii celowanych. Podstawą tej wiedzy jest znajomość przyczyn wystąpienia zmienności osobniczej, uwarunkowanej między innymi przez czynniki genetyczne. W ostatnich latach, dzięki szybkiemu rozwojowi technik wysokoprzepustowych nastąpił przełom w diagnostyce medycznej, badaniach nad przyczynami chorób czy epidemiologii. Zmiany nastąpiły również na rynku usług komercyjnych badań genetycznych oraz w kryminalistyce. Przeobrażeniom tym towarzyszyło zgłębienie wiedzy na temat procesów związanych z patogenezą, progresją czy wreszcie odpowiedź na stosowane leczenie. Było to możliwe dzięki szybkiemu rozwojowi technik wysokoprzepustowych wspomagających badania z zakresu szeroko pojętej genetyki/genomiki, transkryptomiki, proteomiki czy metabolomiki. Rola badań wielkoskalowych nie jest ograniczona do badań naukowych, bowiem w coraz większym stopniu techniki wysokoprzepustowe wykorzystuje się jako narzędzie wspomagające proces diagnostyczny, podejmowany w celu optymalizacji toku opieki nad pacjentami. Towarzyszy temu konieczność opracowania stosownych metod analizy dużych zbiorów danych, często wzajemnie ze sobą powiązanych, co implikuje wykształcenie osób, które mogłyby efektywnie te dane analizować z wykorzystaniem dostępnych narzędzi bioinformatycznych.

Zobacz także:

OMICS Data Science – impuls dla rozwoju bioinformatyki i omiki w Polsce

Cel kursu

Celem kursu jest przygotowanie osób, które będą mogły efektywnie zająć się analizą danych omicznych w kontekście ich wykorzystania w genetyce medycznej.

Główne założenia kursu:

Dla kogo przeznaczony jest kurs?

Kurs kierowany jest głównie do informatyków oraz specjalistów innych dziedzin (biologia, medycyna, chemia, fizyka, matematyka, lub dziedzin pokrewnych jak: biotechnologia, genetyka, kryminalistyka), którzy interesują się Data Science i chcą rozwinąć swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych.
Poza wprowadzeniem do analizy danych biomedycznych, kurs obejmuje zapoznanie się z podstawowymi narzędziami wykorzystywanymi w bioinformatyce, a także z wyzwaniami współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne wykorzystanie nabytych umiejętności w trakcie zajęć dedykowanych analizie danych omicznych.
Do udziału w kursie może aplikować osoba spełniająca co najmniej jedno z następujących kryteriów:

Wymagania formalne

O przyjęciu kandydata na kurs decyduje spełnienie kryteriów formalnych i wyniki rekrutacji. Cała procedura rekrutacyjna opisana jest w regulaminie, w § 4.

Liczba godzin

Kurs jest podzielony na 160 godzin (lekcyjnych po 45 min.) wykładów i zajęć praktycznych, z naciskiem na zajęcia praktyczne. Dodatkowo słuchacze są zobligowani do 40 godzin (lekcyjnych po 45 min.) pracy indywidualnej w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowcy.

Miejsce kursu

Zajęcia dydaktyczne w semestrze letnim roku akademickiego 2021/2022, będą prowadzone w trybie stacjonarnym z ewentualnym wykorzystaniem metod i technik kształcenia na odległość (tryb hybrydowy).

Miejsce prowadzenia zajęć oraz adres do korespondencji:
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski ul. Pawińskiego 5A,02-106 Warszawa, budynek D, V piętro.

Harmonogram

Następna Edycja kursu odbędzie się w drugim semestrze roku akademickiego 2021/2022.
Zajęcia dydaktyczne będą prowadzone w soboty i niedziele.

Terminy kursu - edycja III

Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w sobotę i niedzielę w następujących terminach:

Rekrutacja

Start rekrutacji: 25 stycznia 2022 r., godz. 09:00.
Zakończenie rekrutacji: 8 luty 2022 r., godz. 24:00.

Uwaga! Liczba miejsc: 24

Formularz Rekrutacji na stronie Akademii ICM [dostępny od 25.01.2022, 9:00 do 08.02.2022 do 24:00]

Opłaty

Wysokość opłaty rekrutacyjnej wynosi 500 zł. Opłata rekrutacyjna jest bezzwrotna. Pełna wartość kursu za jedną osobę to koszt 10 000 zł, lecz dzięki współfinansowaniu z Europejskiego Funduszu Społecznego, uczestnicy kursu nie ponoszą kosztów uczestnictwa. W przypadku rezygnacji z kursu podczas jego trwania lub uczestnictwa w mniej niż 80% kursu, uczestnik może zostać zobowiązany do pokrycia całości lub części tych kosztów.

Świadectwo ukończenia kursu

Warunkiem zaliczenia kursu jest udział w nie mniej niż 80% zajęć oraz złożenie pracy zaliczeniowej. Ukończenie kursu zostanie poświadczone świadectwem wydanym przez Uniwersytet Warszawski.

Osoby niepełnosprawne

W kursach mogą uczestniczyć osoby niepełnosprawne.

Program

Zajęcia wprowadzające do analizy danych wysokoprzepustowych

1. Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie [10x45 min. – wykłady]
2. Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych [8x45 min – wykłady]
3. Podstawowe narzędzia informatyczne (Python) [34x45 min – zajęcia praktyczne]
4. Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych [10x45 min – wykłady]
5. Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R [16x45 min – zajęcia praktyczne]
6. Zastosowanie narzędzi Big Data w analizach omicznych [20x45 min – wykłady i zajęcia praktyczne]
7. Modelowanie Deep Learning w badaniach biomedycznych [6x45 min – wykłady i zajęcia praktyczne]
8. Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych [5x45 min – wykłady]


Praktyczne wykorzystanie analiz wysokoprzepustowych – zajęcia praktyczne poprzedzone wstępem teoretycznym

1. Genomika [10x45 min - zajęcia praktyczne]
2. Transkryptomika [10x45 min - zajęcia praktyczne]
3. Metagenomika/ Mikrobiom [10x45 min - zajęcia praktyczne]
4. Epigenomika [10x45 min - zajęcia praktyczne]
5. Proteomika [7x45 min - zajęcia praktyczne]
6. Metabolomika [4x45 min - zajęcia praktyczne]

W przypadku hybrydowego trybu nauczania prosimy uczestników o posiadanie własnego komputera z dystrybucją Linuksa: Ubuntu 18.04 TLS.

Przygotowanie do kursu

Zalecenia dotyczące umiejętności technicznych to m.in.:

Dokumenty do pobrania

0. Regulamin rekrutacji i uczestnictwa w III edycji kursu
1. Deklaracja uczestnictwa w projekcie
2. Oświadczenia uczestnika projektu
3. Oświadczenie kandydata o spełnieniu warunków formalnych
4. Ankieta badająca poziom zawodowego zapotrzebowania osoby na wiedzę będącą zakresem danej formy wsparcia
5. Deklaracja prezentacji wyników po zakończeniu kursu
6. Ankieta badająca poziom przygotowania osoby po zakończeniu uczestnictwa w danej formie wsparcia
7. Zgoda na przetwarzanie danych osobowych
8. Zgoda na wykorzystanie wizerunku i głosu.

Kontakt

omics.data.science@icm.edu.pl


Organizatorzy:
1. Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski;
2. Instytut Matki i Dziecka: Zakład Genetyki Medycznej, Zakład Badań Przesiewowych i Diagnostyki Metabolicznej.

Kurs realizowany jest w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)” współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego, Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój. Osi priorytetowa: IV. Innowacja społeczna i współpraca ponadnarodowa Działania: 4.3 Nr umowy: UDA-POWR.04.03.00-00-0054/18. Informacje dotyczące programu: https://edu-metgen.imid.med.pl/

Wróc do projektów

Omics Data Science – impuls dla rozwoju bioinformatyki i omiki w Polsce

Wróc do projektów