Omika i bioinformatyka na Uniwersytecie Warszawskim
Rozpoczął się trzeci cykl kształcenia na kursie „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych”. Projekt prowadzi ICM UW we współpracy z Instytutem Matki i Dziecka. W tej edycji bierze udział 24 uczestników. Zajęcia prowadzi przeszło dwudziestu praktyków z uznanych ośrodków naukowych i branży MedTech.
„Obserwujemy, że rozwój technologii w dziedzinach omicznych, lawinowy wzrost danych i publikacji naukowych oraz malejące koszty sekwencjonowania DNA, korelują z dużym zainteresowaniem osób, które zgłaszają się na nasz kurs. O przyjęcie na Omics Data Science ubiega się nawet do 7 kandydatów na jedno miejsce. Uczestnikami programu są absolwenci lub studenci bioinformatyki, biotechnologii, chemii, fizyki, matematyki czy medycyny. Po ukończeniu kursu niektórzy nasi słuchacze otrzymują propozycję objęcia nowego stanowiska, podejmują dalsze studia doktoranckie lub rozwijają karierę post-doc. Otrzymujemy też sygnały, że włączenie omiki do projektów naukowych, znacząco wpływa na pozyskiwanie grantów” – informuje kierownik kursu, dr Catherine Suski-Grabowski z ICM UW.
W latach 2019-2021 – dzięki środkom z programu POWER* – kurs ukończyło 81 osób. Program Omics Data Science stanowią zajęcia wprowadzające do analizy danych wysokoprzepustowych (badania, infrastruktura, Python, pakiet R, modelowanie Deep Learning, etyka i RODO) oraz praktyczne wykorzystanie tych narzędzi w sześciu typach omik. W efekcie, kurs daje możliwość wieloaspektowej analizy danych biologicznych i medycznych z użyciem różnych technik, począwszy od genomiki po metabolomikę. Umiejętności z kursu mogą być wykorzystane w następujących dziedzinach:
- diagnostyka chorób genetycznych, w tym identyfikacji molekularna nowych zespołów chorobowych;
- prognoza przebiegu chorób;
- identyfikacja czynników ryzyka chorób;
- wspomaganie i doskonalenie zarządzania strukturami opieki zdrowotnej;
Podczas zajęć uczestnicy kursu korzystają z infrastruktury obliczeniowej ICM. Słuchacze mają również możliwość porównania wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami: dzięki współpracy z firmą Illumina za pośrednictwem Analityk Genetyka, a także z Systems Biology Institute Tokio – wykorzystując i rozwijając platformę Garuda – multinarzędzie do analizy danych naukowych.
W związku z bardzo dużym zainteresowaniem wśród różnych grup odbiorców, organizatorzy kursu planują w przyszłym roku akademickim uruchomienie kolejnej edycji. Szczegółowe informacje dotyczące warunków uczestnictwa będą pojawiać się na stronie internetowej ICM UW.
Wykładowcy III edycji kursu Omics Data Science
| Nazwisko i imię | tytuł | afiliacja | przedmiot |
|---|---|---|---|
| Bała Piotr | prof. dr hab. | ICM UW | Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych |
| Bogacewicz Roman | mgr | ICM UW | RODO w biomedycznych badaniach wysokoprzepustowych |
| Cysewski Dominik | dr | Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej | Proteomika |
| Czerniawska-Szejda Dominika | dr | ICM UW | Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R |
| Dawidziuk Mateusz | dr n. med. | Instytut Matki i Dziecka | Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych |
| Dąbrowski Michał | dr | Instytut Podstaw Informatyki, PAN | Epigenomika |
| Gambin Tomasz | prof. dr hab. | Instytut Matki i Dziecka | Zastosowanie narzędzi Big Data |
| Gos Monika | prof. dr hab. | Instytut Matki i Dziecka | Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie |
| Górski Łukasz | dr | ICM UW | Zastosowanie narzędzi Big Data w analizach omicznych – Hadoop, Spark |
| Hoffman Dorota | prof. dr hab. | Instytut Matki i Dziecka | Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie i etyczne aspekty biomedycznych badań |
| Karwowska Zuzanna | mgr | Ardigen SA | Mikrobiom |
| Kopera Katarzyna | mgr | Małopolskie Centrum Biotechnologii; Uniwersytet Jagielloński | Mikrobiom |
| Kościółek Tomasz | dr | Małopolskie Centrum Biotechnologii; Uniwersytet Jagielloński | Mikrobiom |
| Kuśmirek Grzegorz | mgr inż. | BlueSoft Sp. z o.o. | Podstawowe narzędzia informatyczne |
| Kuśmirek Wiktor | dr inż. | Politechnika Warszawska, Instytut Informatyki | Podstawowe narzędzia informatyczne |
| Lasocki Krzysztof | student | Politechnika Warszawska | Podstawy technik informatycznych – Python |
| Nowak Robert | prof. dr hab. inż | Politechnika Warszawska, Instytut Informatyki | Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych |
| Nowicki Marek | dr | ICM UW | Zastosowanie narzędzi Big Data w analizach omicznych – Hadoop, Spark |
| Paciorek Robert | mgr inż. | ICM UW | Podstawy technik informatycznych – Python |
| Piersa Jarosław | dr | Samsung Electronics Polska | Modelowanie Deep Learning w badaniach biomedycznych |
| Piwoński Krzysztof | mgr | ICM UW | Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R |
| Puchała Weronika | mgr inż. | Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN | Proteomika |
| Suski Grabowski Katarzyna | dr | ICM UW | Kierownik kursu |
| Wojtaś Bartosz | dr hab. | Instytut Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego, PAN | Transkryptomika |
Zobacz także:
Omics Data Science – impuls dla rozwoju bioinformatyki i omiki w Polsce (wystąpienia wykładowców i absolwentów oraz podsumowanie dwóch edycji kursu)
https://www.youtube.com/watch?v=FB6wvpnargU
* Kurs Omics Data Science jest realizowany w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”. Projekt jest współfinansowany z Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach: Osi priorytetowej: IV. Innowacje społeczne i współpraca ponadnarodowa Działania: 4.3 Współpraca ponadnarodowa Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój. Nr umowy UDA-POWER.04.03.00-00-0054/18. Informacje dotyczące programu: https://edu-metgen.imid.med.pl/
