OMICS Data Science – impuls dla rozwoju bioinformatyki i omiki w Polsce

1 października 2021

Już 81 specjalistów ukończyło kurs “Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych”. Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM) oraz Instytut Matki i Dziecka (IMiD) planują kolejne edycje kształcenia dla lekarzy, informatyków, a także absolwentów innych nauk ścisłych.

Uroczyste wręczenie świadectw, wystąpienia wykładowców i absolwentów oraz podsumowanie dwóch edycji kursu: „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych”, odbędzie się 8.10.2021, w godz. 10-14, w Centrum Technologii ICM. Patronat medialny nad wydarzeniem objęło Wydawnictwo Termedia.
Ze względu na aktualne ograniczenia epid. wydarzenie będzie transmitowane on-line (stacjonarnie obowiązują zaproszenia).

Link do transmisji: https://www.youtube.com/watch?v=EUsGq3wxDBs

(program wydarzenia poniżej)

„Bioinformatyka nierozerwalnie związana jest z rozwojem technik stosowanych w genetyce człowieka (genomice) oraz – patrząc szerzej, innych technik omicznych (transkryptomiki, proteomiki i metabolomiki, etc.) i staje się jednym z kluczowych działów nauki, a także drogą do dalszego postępu medycyny, dzięki zwiększaniu możliwości przetworzenia niemożliwych dotychczas do zinterpretowania danych na wynik diagnostyczny. Z tego powodu jednym z celów ponadnarodowego projektu dofinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka” było opracowanie i wdrożenie, przy wykorzystaniu doświadczeń Katolickiego Uniwersytetu w Leuven, ICM oraz IMiD, podyplomowego kursu bioinformatycznego, który umożliwiłby kształcenie interdyscyplinarnych kadr i jednocześnie stanowiłby impuls do przyspieszenia rozwoju bioinformatyki w Polsce.
W Instytucie Matki i Dziecka wdrażane są unikalne metody diagnostyki i techniki laboratoryjne z zakresu genetyki laboratoryjnej, w tym analizy oparte o zastosowanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania kwasów nukleinowych” – mówi kierownik projektu Mariusz Chrzanowski, Pełnomocnik Dyrektora ds. Pozyskiwania Funduszy w Instytucie Matki i Dziecka.

Użycie najbardziej nowoczesnych i wydajnych technik molekularnej diagnostyki w Polsce zwiększa możliwości skutecznego diagnozowania i leczenia chorób w obrębie większości dziedzin medycyny, a w szczególności pediatrii i neonatologii, onkologii, neurologii, ginekologii, czy kardiologii. Przy zastosowaniu nowoczesnego sprzętu i metod analizy kwasów nukleinowych generowane są ogromne ilości danych, do których przetworzenia i wstępnej analizy stają się niezbędne osoby specjalizujące się w zakresie analiz bioinformatycznych.

Zainteresowanie kursem “Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza wielkoskalowych danych biomedycznych” prowadzonym w ICM przerosło wyobrażenia Partnerów Projektu, którzy współtworzyli przedsięwzięcie (ICM i IMiD). Dwie edycje kursu ukończyło 81 specjalistów: lekarzy, informatyków, biologów, chemików, inżynierów i in. Każdorazowo liczba zgłoszeń była wielokrotnie większa niż liczba miejsc. Planowane są kolejne edycje kursu oraz nowe ścieżki edukacyjne.

„Ten wymagający zaangażowania 200-godzinny kurs złożony jest z dwóch części. Pierwsza to bardzo szczegółowe wykłady i zajęcia praktyczne z bioinformatyki, skupiające się na językach programowania Python oraz R, a także na zastosowaniu narzędzi Big Data w analizach omicznych czy modelowaniu Deep Learning w badaniach biomedycznych. Drugą część kursu stanowi szeroki zestaw wykładów oraz zajęć praktycznych z omiki, tzn. uczymy praktycznego wykorzystania analiz wysokoprzepustowych w genomice, epigenomice, transkryptomice, proteomice, metagenomice i metabolomice. Rozwiązujemy z uczestnikami kursu zagadnienia naukowe poprzez zintegrowane stosowanie komplementarnych wobec siebie technik omicznych. Duże grono naszych słuchaczy stanowią naukowcy oraz pracownicy specjalistycznych laboratoriów, co obliguje nas do ciągłej aktualizacji naszego programu nauczania.

Ponadto uczestnicy kursu mają możliwość porównania wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami. Współpracujemy z międzynarodowym koncernem Illumina w zakresie analizy genomicznej, a także z Systems Biology Institute Tokio – wykorzystując i rozwijając platformę Garuda – multinarzędzie do analizy danych naukowych. Na potrzeby kursu wykorzystujemy również infrastrukturę obliczeniową Centrum Technologii ICM” – mówi kierownik kursu dr Catherine Suski-Grabowski z Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW.

[ Program ]

 

„Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza wielkoskalowych danych biomedycznych”
Uroczyste rozdanie świadectw i podsumowanie dwóch edycji kursu ICM – IMiD

Miejsce: Centrum Technologii ICM UW, ul. Kupiecka 32, 03-046 Warszawa Białołęka

Data: piątek, 8 października 2021 roku

Czas trwania: 10:00 – 14:00

Forma: hybrydowa- możliwość uczestnictwa kursantów i zainteresowanego grona naukowców dzięki połączeniu on-line;

Harmonogram:

Przemówienia wstępne:

  1. 10:00-10:15 Dyrektor Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, dr Marek Michalewicz: prezentacja mocy obliczeniowej Centrum;
  2. 10:15-10:30 Dyrektor Instytutu Matki i Dziecka, dr n. med. Tomasz Maciejewski: prezentacja programu Power;
  3. 10:30-10:45 Naczelnik Wydziału Projektów Europejskiego Funduszu Społecznego w Centrum Projektów Europejskich, Marcin Tylczyński: Współpraca ponadnarodowa POWER – ramy projektu wdrożeniowego “Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka”;
  4. 10:45- 11:05 Kierownik kursu OMICS Data Science, Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, dr Catherine Suski Grabowski: podsumowanie dwóch edycji kursów

Wykłady:

  1. 11:05-11:25 dr hab. n. med. Monika Gos, prof. IMiD , Zakład Genetyki Medycznej: „Metody omiczne w diagnostyce chorób genetycznie uwarunkowanych”;
  2. 11:25-11:45 dr hab. inż. Tomasz Gambin, Zakład Genetyki Medycznej IMiD: “Analiza danych z NGS w chmurze obliczeniowej”

Doświadczenia praktyczne z implementacji wiedzy i umiejętności zdobytych podczas kursu:

  1. 11:45-12:00 Daria Kalińska-Łysiak, Royal College of Surgeons Ireland: „Analiza krótkiego niekodującego RNA u chorych na raka piersi”;
  2. 12:00-12:15 Daria Dutkiewicz, Zakład Genetyki Medycznej IMID: „OMICS Data Science w laboratorium Cytogenetycznym – Zastosowanie wiedzy z kursu”
  1. 12:15- 12:30 prof. dr hab. Piotr Bała, Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, Bioinformatyka w ICM
  2. 12:30-12:50 Rozdanie świadectw i słowo zakończenia

 

Patronat medialny