XXI Sesja Użytkowników Komputerów Dużej Mocy ICM
206 mln rdzenio-godzin obliczeń, 475 aktywnych użytkowników i 282 projekty w ramach grantów obliczeniowych ICM w 2020 r.
Są już dostępne nagrania wystąpień z 21. Sesji Użytkowników KDM w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego. Sprawozdania z grantów, wykłady specjalne oraz podsumowanie obliczeń w 2020 r. udostępniamy na oficjalnym kanale ICM.
W XXI Sesji Użytkowników KDM wzięli udział kierownicy oraz uczestnicy grantów obliczeniowych realizowanych w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW, a także naukowcy i zespół obsługi Centrum Technologii ICM, gdzie zlokalizowana jest infrastruktura obliczeniowa (HPC) o mocy rzędu ok. 2 PFLOPS oraz zasoby storage o łącznej objętości 20 PB.
Zasoby ICM są otwarte dla całego środowiska naukowego w Polsce, a dostęp na potrzeby niekomercyjnych badań naukowych i dydaktyki jest nieodpłatny. Użytkownikiem może zostać każdy pracownik i doktorant (przy akceptacji opiekuna naukowego) polskiej wyższej uczelni lub jednostki naukowej. Dostęp do zasobów ICM odbywa się w ramach tzw. grantów obliczeniowych. Rodzaj grantu zależy od ilości zadeklarowanych rdzenio-godzin (CPUh) i superkomputera (Okeanos, Topola, Rysy) na którym mają być realizowane obliczenia.
Udostępnianie infrastruktury ICM: 206 mln rdzenio-godzin w 2020 r.
W 2020 r. ICM udostępnił środowisku naukowemu w Polsce 206 mln rdzenio-godzin mocy obliczeniowej. Głównymi beneficjentami grantów były grupy badawcze z: Uniwersytetu Warszawskiego (63 551 716 rdzenio-godzin obliczeń), Politechniki Warszawskiej (17 293 962 rdzenio-godzin) oraz Centrum Fizyki Teoretycznej PAN (12 563 830 rdzenio-godzin).
Powyżej 5 mln rdzenio-godzin wykorzystały: Wojskowa Akademia Techniczna, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Instytut Wysokich Ciśnień PAN, Instytut Fizyki PAN, Uniwersytet Gdański, Politechnika Gdańska, Politechnika Poznańska, Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Uniwersytet Wrocławski i Politechnika Wrocławska.
Łącznie, w ciągu trzech ostatnich lat, ICM udostępnił polskim badaczom 616,6 mln rdzenio-godzin.
Moc obliczeniowa była udostępniana w oparciu o aktualne dwa główne systemy HPC (High Performance Computing): “Okeanos” (Cray XC40 zainstalowany w 2015 r. w ramach projektu POIG “OCEAN”, 1084 węzły obliczeniowe, 26 016 rdzeni obliczeniowych) oraz “Topola” (klaster Huawei zainstalowany w 2014 r. w ramach projektów POIG “PL-Grid”, 220 węzły obliczeniowe, ponad 6 tys. rdzeni obliczeniowych ). Ponadto w 2020 r. użytkownicy mogli korzystać z eksperymentalnego klastra akcelerowanego “Rysy” (7 węzłów z akceleratorami GPU NVIDIA, 1 węzeł z procesorami wektorowymi NEC). Ze względu na małe rozmiary tego systemu wkład w wykorzystane godziny obliczeń był marginalny (poniżej 2% wszystkich udostępnionych rdzenio-godzin). System dedykowany był do obliczeń z kategorii uczenia maszynowego.
282 projekty w ramach grantów obliczeniowych ICM
W sumie, w ubiegłym roku z obliczeń na systemach ICM skorzystało aktywnie 475 użytkowników (na 900 zarejestrowanych) z 45 jednostek naukowych w ramach 282 projektów w postaci grantów obliczeniowych przyznanych w ICM UW. W ciągu trzech ostatnich lat liczba użytkowników wzrosła o 69 osób przy zmniejszającej się liczbie projektów (292 w 2019 r. i 310 w 2020 r.).
W 2020 roku, podobnie jak w poprzednich latach, granty przyznawane były w trybach:
-
nie recenzowanym, podlegającym ocenie technicznej, dla wniosków o alokację zasobów poniżej 2 mln rdzenio-godzin czasu obliczeń w roku (przydział zasobów na systemach “Topola” i “Okeanos”),
-
recenzowanym, podlegającym ocenie panelu eksperckiego, dla wniosków o alokację zasobów powyżej 2 mln rdzenio-godzin (przydział zasobów na systemie “Okeanos”).
Największe realizowane zadania (powyżej 5 mln godzin rdzenio-godzin obliczeń w 2020 r.) obejmowały następujące projekty:
| Tytuł projektu | Jednostka naukowa | Użyte rdzenio-godziny w 2020 r. |
| Badanie mechanizmów allosterycznych metodami dynamiki molekularnej i przyspieszonego próbkowania | Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki |
21 590 801 |
| Variability of black hole accretion inflows and outflows | Centrum Fizyki Teoretycznej PAN |
11 280 356 |
| Struktura wewnętrzna nukleonów z chromodynamiki kwantowej na sieci z fermionami twisted mass | Uniwersytet Adama Mickiewicz w Poznaniu, Wydział Fizyki |
8 967 595 |
| ADVANCE++: High-throughput screening and properties of novel functional materials in the solid state | Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii |
8 034 829 |
| Non-equilibrium phenomena in superfluid and strongly interacting Fermi systems | Politechnika Warszawska, Wydział Fizyki |
7 230 341 |
| Analiza crash-testów samolotów wielkoformatowych | Wojskowa Akademia Techniczna |
6 579 082 |
| TOrnTO: To Open or not To Open: A Computational Search for Optical Control of ATP-sensitive Potassium Channels Opening | Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej |
6 520 423 |
| Activation mechanism of histamine and dopamine receptors | Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii |
6 402 727 |
| Implementacja, kalibracja i testy pola gruboziarnistego modelu UNRES nowej generacji o zwiększonej rozdzielczości | Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii |
5 018 736 |
| Pozostałe |
133 305 356 |
Program XXI Sesji Sprawozdawczej Użytkowników KDM ICM
Biogramy oraz abstrakty prelegentów są dostępne na stronie kdm.icm.edu.pl/Sesje_KDM/sesja2021/prelegenci/
Dzień 1.
Krzysztof Rządca | UW, MIM
Pan tu nie stał! Nauka, praktyka i zdrowy rozsądek w superkomputerowych systemach kolejkowych
Piotr Setny | UW, CENT
Oddziaływanie peptydów fuzyjnych wirusa grypy z błonami lipidowymi
Stanisław Dunin-Horkawicz UW, CENT
Sequence-structure relationships in highly-regular proteins
Anna Karnkowska | UW, Wydział Biologii
Genomika i metagenomika mikroorganizmów eukariotycznych
Łukasz Konraciuk, Marek Masiak | Uniwersystet Warszawski, University College London
Polscy studenci w Student Supercomputer Challenge
Michał Boniecki | Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej
Gruboziarniste metody do modelowania struktury przestrzennej RNA i kompleksów RNA-białko
Nithin Chandran | Miedzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Biologii Komórki
Modeling of RNA and RNA-protein complexes (Badania kompleksów RNA i RNA-białko za pomocą symulacji Monte Carlo)
Joanna Miszkiewicz | UW, CENT
Odtworzenie eksperymentalnej krzywej topnienia dupleksów RNA metodą dynamiki molekularnej
Silvio Osella | UW, CENT
Rational Design of Bio-Organic Systems for Biomimetic Applications
Adam Sieradzan | Uniwersytet Gdański
Wprowadzanie błony lipidowej do gruboziarnistego pola siłowego UNRES
Paweł Gora | UW, MIM
Optymalizacja leczenia nowotworu
Michał Jagielski, Miron Kursa | UW, ICM
Modelowanie nadciekłej turbulencji na maszynie wektorowej NEC
Łukasz Górski | UW, ICM
Wyjaśnialność i modele językowe w informatyce prawniczej
Piotr Śpiewak | PW, Wydział Inżynierii Materiałowej
Modelowanie ab initio właściwości transportowych w materiałach termoelektrycznych z wykorzystaniem funkcjonałów hybrydowych
Marcin Zemła | PW, Wydział Inżynierii Materiałowej
He w Fe
Damian Sobieraj, Jan Wróbel | PW, Wydział Inżynierii Materiałowej
Modelowanie stabilności fazowej i właściwości stopów o wysokiej entropii
Franciszek Rakowski | UW, ICM
Symulacje COVID-19 – model ICM
Maciej Szpindler | UW, ICM
Podsumowanie obliczeń w ICM w latach 2018-2020
Dzień 2.
M. Dzikowski G.Gruszczyński M.Hermanowicz M.Szpindler | UW, ICM
Jak rozszyfrować 2FA, NEC, singularity i inne, czyli o nowościach w HPC ICM
Yevgen Melikhov |PAN, Instytut Podstawowych Problemów Techniki
Theoretical support to facilitate analysis of X-ray Absorption Spectroscopy data obtained for (Ga,Mn) As thin films
Karolina Milowska | University of Cambridge
Jak poprawić własności elektryczne przewodów opartych o nanorurki węglowe
Vadim Zhuravlew | UW, ICM
Obliczenia kwantowo-mechaniczne dla 250 milionów atomów dwutlenku tytanu
Aleksandra Siklitckaia |IChF, PAN
Ab-initio insights into the CO2 adsorption
Marcin Kryński | PW, Wydział Fizyki
Modelowanie właściwości elektrycznych przewodników jonów tlenu opartych na Bi2O3
Wacław Kuś | Politechnika Śląska
Projektowanie materiałów 2D o zadanych własnościach mechanicznych
Joanna Jędraszczyk, Maciej Szpindler | UW, ICM
Sesja pytań i odpowiedzi
Maciej Szudarek | Instytut Metrologii i Inżynierii Biomedycznej
Modelowanie numeryczne przepływomierzy wibracyjnych
Maciej Szary | Politechnika Poznańska Instytut Fizyki
Domieszkowany MoS2 jako materiał do detekcji H2S
Carmine Autieri | PAN, Instytut Fizyki
Magnetic impurities IN TOPological materials
Piotr Korcyl | UJ, Instytut Fizyki
Determination of the strong coupling constant from Lattice QCD Monte Carlo simulations
Krzysztof Rogowski | PW, Wydział Mechaniczny Energetyki i Lotnictwa
Analiza wpływu wirującego wału wirnika Darrieusa na obciążenia aerodynamiczne łopat wirnika
Oksana Volnianska | PAN, Instytut Fizyki
Struktura elektronowa domieszek metali przejściowych w ZnO i GaN
Bohdan Andriyevskyy | Politechnika Koszalińska, Wydział Elektroniki
Właściwości elektronowe i fononowe kryształów półprzewodnikowych obliczone w ramach teorii funkcjonału gęstości
Dominik Kurzydłowski | UKSW, Wydział Matematyczno-Przyrodniczy
Wpływ wysokich ciśnień na właściwości związków bogatych we fluor
Michał Kochman | Instytut Chemii Fizycznej, PAN
Piruety w smole. Symulacje motorów molekularnych w roztworze wodnym
Marek Graff | Instytut Chemii i Techniki Jądrowej, PAN
Wpływ podstawników oraz izomerii geometrycznej na aromatyczność HOMA polienów
Michał Lesiuk | UW, Wydział Chemii
Techniki dekompozycji tensorow w teorii coupled cluster
Maciej Śmiechowski | Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny
Wodór cząsteczkowy jako minimalny model hydratacji hydrofobowej
Zuzanna Szymańska | UW, ICM
Problemy odwrotne w modelowaniu nowotworów
Maciej Szpindler, Marek Michalewicz | UW, ICM
Podsumowanie i zakończenie sesji
