ICM uczestniczy w europejskich badaniach nad eksposomem
11 lutego w Brukseli odbyła się konferencja inaugurująca sieć European Human Exposome Network do realizacji programu Horizon 2020. Badania nad eksposomem to 9 projektów na łączną kwotę ponad 100 mln euro. W programie uczestniczy 126 instytucji – głównie akademickich – z całej Europy, w tym ICM na Uniwersytecie Warszawskim jako jedyna instytucja z Polski.
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego (ICM) Uniwersytetu Warszawskiego jest partnerem jednej z dziewięciu inicjatyw w programie Horizon 2020 – projektu Human Exposome Assessment Platform (HEAP). W projekcie koordynowanym przez prof. Joakima Dillnera z Karolinska Instituet (Sztokholm, Szwecja) uczestniczy 11 partnerów z Europy, a jego budżet to prawie 12 mln euro.
Celem projektu HEAP jest stworzenie mechanizmów i narzędzi pozwalających na gromadzenie, analizę i udostępnianie danych o czynnikach wpływających na zdrowie człowieka. Zadania ICM UW koncentrują się na zapewnieniu wysoko wydajnego, skalowalnego oprogramowania niezbędnego do analizy danych genetycznych.
„Obecnie pewna część oprogramowania bioinformatycznego nie jest dostosowana do systemów obliczeniowych wielkiej mocy – szczególnie tych dostępnych w centrach superkomputerowych. Zadaniem ICM jest rozwój lub dostosowanie istniejącego oprogramowania do najnowszych architektur wieloprocesorowych, tak by w pełni wykorzystać dostępne moce obliczeniowe, a jednocześnie znacząco skrócić czas potrzebny na wykonanie analiz” – mówi prof. Piotr Bała z ICM.
„Planowane zadania są kontynuacją prac wykonywanych w ICM UW nad wysoko wydajną wersją oprogramowania NCBI-BLAST do porównywania sekwencji DNA. Aplikacja pozwala na efektywne wykorzystanie zasobów superkomputerowych i na ponad 100-krotne, w porównaniu do typowej stacji roboczej, skrócenie czasu analizy danych genetycznych – z tygodni do pojedynczych godzin. Opracowane w ICM UW oprogramowanie jest szybsze od konkurencyjnych rozwiązań i znacznie wygodniejsze w użyciu” – informuje prof. Bała.
Więcej informacji na temat NCBI-BLAST: https://icm.edu.pl/blog/2018/09/04/przyspieszyc-analize-dna-wykorzystaniem-algorytmu-blast-superkomputerach/
Narzędzia stworzone w projekcie HEAP pozwolą na analizę danych pochodzących z różnych regionów Europy i świata w efektywny, zgodny z obowiązującymi zasadami etycznymi sposób. W pierwszej kolejności uwzględnione zostaną dane pochodzące ze Szwecji, Danii i Finlandii, obejmujące bazy danych związanych z zachorowalnością i prewencją w wybranych chorobach onkologicznych, bazach dotyczących kobiet w ciąży czy przyzwyczajeniach konsumenckich. Ciekawym elementem projektu jest analiza danych pochodzących z sensorów (opasek) noszonych przez kobiety w ciąży pozwalających na pomiar czynników środowiskowych takich jak flora bakteryjna czy pyłki na jakie wystawiona jest dana osoba.
Sieć European Human Exposome Network skupia dziewięć europejskich projektów finansowanych w ramach programu Horizon 2020 poświęconych badaniom nad eksposomem, czyi nad długofalowym wpływem środowiska na zdrowie człowieka – od okresu płodowego aż do śmierci.
Wpływ środowiska na zdrowie człowieka jest znany, jednak do tej pory nie były podejmowane na szerszą skalę systematyczne badania w tym zakresie, głownie ze względu na brak odpowiednich metod i narzędzi. Niemniej jednak wiadomo, że czynniki środowiskowe mają istotne znaczenie w zachorowalności na choroby onkologiczne, układu krążenia, zaburzenia oddechowe czy choroby cywilizacyjne. Rozwój technologii pozwala na coraz dokładniejsze badania wpływu środowiska na kondycję zdrowotną człowieka, stąd coraz większe zainteresowanie tematem zarówno w USA jak też w Europie.
Strona konferencji inaugurującej European Human Exposome Network (źródło grafiki): https://ec.europa.eu/info/events/launch-event-european-human-exposome-network-2020_en
Strona programu, w tym projekt HEAP:
https://www.humanexposome.eu/
