Szybkie wykrywanie sekwencji wirusów HPV

16 kwietnia 2025

Zespół kierowany przez śp. prof. Piotra Bałę, w ramach projektu HEAP – Human Exposome Assessment Platform finansowanego z programu Horyzont 2020, opracował nowatorskie narzędzie do szybkiego wykrywania sekwencji wirusów HPV.

Praca pt. “HPV-KITE: sequence analysis software for rapid HPV genotype detection“, której pierwszym autorem jest dr Marek Nowicki z ICM UW, właśnie została opublikowana w prestiżowym czasopiśmie Briefings in Bioinformatics.

Wykrywanie sekwencji genowych wirusów HPV stanowi poważne wyzwanie ze względu na dużą liczbę blisko spokrewnionych genotypów HPV, obecność znacznych ilości DNA niewirusowego w próbkach oraz wysoką zmienność i szybkie mutacje wirusów.

Dr Nowicki i współautorzy opracowali HPV-KITE — narzędzie umożliwiające wykrywanie genotypów HPV z praktycznie dowolnych danych sekwencjonowania nowej generacji. Metoda oparta jest na analizie k-merów i wykorzystuje indeks Tversky’ego, co pozwala na wysoką skalowalność.

  • HPV-KITE został oceniony na podstawie trzech wcześniej analizowanych zestawów danych HPV, obejmujących łącznie 1430 próbek.
  • Narzędzie przewyższało standardowe metody mapowania sekwencji i klasyfikacji k-merów pod względem szybkości i skalowalności, przy porównywalnej dokładności wykrywania.
  • Dzięki shinglingowi i zastosowaniu paralelizacji, uzyskano bardzo szybkie czasy przetwarzania.
  • Analiza wykazała optymalną wydajność przy pracy na wielu węzłach.
  • HPV-KITE to szybkie, dokładne i skalowalne narzędzie do klasyfikacji DNA/RNA, które można z powodzeniem dostosować do wykrywania różnych wirusów i mikroorganizmów, nie tylko HPV.

Link do publikacji

HPV-KITE: sequence analysis software for rapid HPV genotype detection
Briefings in Bioinformatics, Volume 26, Issue 2, March 2025, bbaf155, 

https://doi.org/10.1093/bib/bbaf155

Projekt Human Exposome Assessment Platform został dofinasowany ze środków Unii Europejskiej w ramach programu Horyzont 2020 (grant 874662) oraz z przedsięwzięcia Ministra Edukacji i Nauki pod nazwą „Premia na Horyzoncie 2” (497700/PnH 2/2020).

Informacje o finansowaniu: https://icm.edu.pl/heap-human-exposome-assessment-platform/

Strona projektu: https://heap-exposome.eu/