Kurs Omics Data Science
Tytuł projektu: EDUGEN – Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka
Finansowanie: Europejski Funduszu Społecznego, Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój. Oś priorytetowa: IV. Innowacja społeczna i współpraca ponadnarodowa (działanie: 4.3); nr umowy: UDA-POWR.04.03.00-00-0054/18
Kwota finansowania całkowita: 35 749 973,23 zł
Kwota finansowania ICM: 928 044,42 zł
Okres realizacji: 2018-2023
OMICS DATA SCIENCE – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych
Współczesna medycyna coraz częściej korzysta w badaniach klinicznych i postępowaniu terapeutycznym z wiedzy umożliwiającej spersonalizowanie leczenia i zastosowanie terapii celowanych. Podstawą tej wiedzy jest znajomość przyczyn wystąpienia zmienności osobniczej, uwarunkowanej między innymi czynnikami genetycznymi. W ostatnich latach, dzięki szybkiemu rozwojowi technik wysokoprzepustowych nastąpił przełom w diagnostyce medycznej, badaniach nad przyczynami chorób i epidemiologii. Zmiany nastąpiły również na rynku komercyjnych usług badań genetycznych oraz w kryminalistyce. Przeobrażeniom tym towarzyszyło zgłębienie wiedzy na temat procesów związanych z patogenezą, progresją czy wreszcie odpowiedź na leczenie stosowane. Było to możliwe dzięki szybkiemu rozwojowi technik wysokoprzepustowych wspomagających badania z zakresu szeroko pojętej genetyki/genomiki, transkryptomiki, proteomiki czy metabolomiki.
Rola badań wielkoskalowych nie ogranicza się tylko do badań naukowych, bowiem w coraz większym stopniu techniki wysokoprzepustowe wykorzystuje się jako narzędzie wspomagające proces diagnostyczny, podejmowany w celu optymalizacji toku opieki nad pacjentem. Towarzyszy temu konieczność opracowania stosownych metod analizy często wzajemnie ze sobą powiązanych dużych zbiorów danych (Big Data), co stwarza konieczność przygotowania osób, które mogłyby efektywnie te dane analizować z wykorzystaniem dostępnych narzędzi bioinformatycznych.
Zobacz także: OMICS Data Science – impuls dla rozwoju bioinformatyki i omiki w Polsce
Cel kursu
Celem kursu jest przygotowanie osób, które będą mogły efektywnie zająć się analizą danych omicznych w kontekście ich wykorzystania w genetyce medycznej.
Główne założenia kursu:
- pomoc w diagnostyce chorób genetycznych, w tym identyfikacja molekularna nowych zespołów chorobowych;
- możliwość prognozowania przebiegu chorób (w tym farmakogenetyka);
- identyfikacja czynników ryzyka w zagrożeniach/chorobach cywilizacyjnych;
- pomoc w usprawnianiu zarządzania strukturami ochrony zdrowia (w tym np. efektywność kosztowa).
Dla kogo przeznaczony jest kurs?
Kurs kierowany jest głównie do informatyków oraz specjalistów takich dziedzin jak biologia, medycyna, chemia, fizyka, matematyka lub pokrewnych- biotechnologia, genetyka, kryminalistyka, zainteresowanych zagadnieniami Data Science, chcących rozwijać swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych.
Poza wprowadzeniem do analizy danych biomedycznych, kurs obejmuje zapoznanie się z podstawowymi narzędziami wykorzystywanymi w bioinformatyce, a także z wyzwaniami współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne wykorzystanie nabytych umiejętności w trakcie zajęć dedykowanych analizie danych omicznych.
W kursie może brać udział osoba spełniająca co najmniej jedno z następujących kryteriów:
- absolwent lub student ostatniego roku studiów inżynierskich (informatycznych);
- absolwent lub student ostatniego roku studiów medycznych;
- absolwent lub student ostatniego roku studiów przyrodniczych;
- student innego kierunku, który posiada wiedzę z zakresu bioinformatyki;
- osoba wykonująca zawód lekarza, diagnosty laboratoryjnego lub technika laboratoryjnego.
Wymagania formalne
O przyjęciu kandydata na kurs decyduje spełnienie kryteriów formalnych oraz wyniki rekrutacji. Cała procedura rekrutacyjna opisana jest w Regulaminie rekrutacji w § 4.
Liczba godzin
Kurs jest podzielony na 160 godzin lekcyjnych (po 45 min.) wykładów i zajęć praktycznych, z naciskiem na zajęcia praktyczne. Dodatkowo słuchacze są zobligowani do 40 godzin lekcyjnych pracy indywidualnej w grupach 4-5 osobowych pod opieką wykładowcy.
Miejsce zajęć
Zajęcia dydaktyczne w roku akademickim 2022/2023, będą prowadzone w trybie stacjonarnym z ewentualnym wykorzystaniem metod i technik kształcenia na odległość (tryb hybrydowy).
Miejsce prowadzenia zajęć oraz adres do korespondencji: Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski ul. Pawińskiego 5A, 02-106 Warszawa, budynek D, V piętro.
Harmonogram
Kurs odbędzie się w semestrze letnim w roku akademickim 2022/2023. Zajęcia dydaktyczne będą prowadzone w trybie sobotnio-niedzielnym.
Terminy zajęć w edycji IV
Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w sobotę i niedzielę w następujących terminach:
- 4-5 marca 2023r.
- 18-19 marca 2023r.
- 1-2 kwietnia 2023r.
- 15-16 kwietnia 2023r.
- 13-14 maja 2023r.
- 27-28 maja 2023r.
- 3-4 czerwca 2023r.
- 17-18 czerwca 2023r.
Rekrutacja
Start rekrutacji: 23 stycznia 2023 r., godz. 09:00.
Zakończenie rekrutacji: 6 luty 2023 r., godz. 16:00.
Uwaga! Liczba miejsc ograniczona do 24 – decyduje kolejność zgłoszeń.
Formularz Rekrutacji na stronie Akademii ICM [dostępny od od 23.01.2023, godz. 9:00 do 06.02.2023, godz. 16:00]
Opłaty
Wysokość opłaty rekrutacyjnej wynosi 1.200 zł. Opłata rekrutacyjna jest bezzwrotna.
Pełna wartość kursu za jedną osobę to koszt kilkunastu tysięcy zł, ale dzięki współfinansowaniu z Europejskiego Funduszu Społecznego, uczestnicy kursu nie ponoszą kosztów uczestnictwa. W przypadku rezygnacji z kursu podczas jego trwania lub uczestnictwa w mniej niż 80% zajęć kursu, uczestnik może zostać zobowiązany do pokrycia całości lub części tych kosztów.
Świadectwo ukończenia
Warunkiem zaliczenia kursu jest udział w minimum 80% zajęć oraz złożenie pracy zaliczeniowej. Ukończenie kursu zostanie poświadczone świadectwem wydanym przez Uniwersytet Warszawski.
Osoby niepełnosprawne
W kursach mogą uczestniczyć osoby niepełnosprawne.
Program
I. Zajęcia wprowadzające do analizy danych wysokoprzepustowych
1. Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie [10×45 min. – wykłady]
2. Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych [8×45 min – wykłady]
3. Podstawowe narzędzia informatyczne (Python) [34×45 min – zajęcia praktyczne]
4. Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych [10×45 min – wykłady]
5. Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R [16×45 min – zajęcia praktyczne]
6. Zastosowanie narzędzi Big Data w analizach omicznych [20×45 min – wykłady i zajęcia praktyczne]
7. Modelowanie Deep Learning w badaniach biomedycznych [6×45 min – wykłady i zajęcia praktyczne]
8. Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych [5×45 min – wykłady]
II. Praktyczne wykorzystanie analiz wysokoprzepustowych – zajęcia praktyczne poprzedzone wstępem teoretycznym
1. Genomika [10×45 min – zajęcia praktyczne]
2. Transkryptomika [10×45 min – zajęcia praktyczne]
3. Metagenomika/ Mikrobiom [10×45 min – zajęcia praktyczne]
4. Epigenomika [10×45 min – zajęcia praktyczne]
5. Proteomika [7×45 min – zajęcia praktyczne]
6. Metabolomika [4×45 min – zajęcia praktyczne]
Uwaga! W przypadku hybrydowego trybu nauczania warunkiem uczestnictwa w zajęciach jest posiadanie własnego komputera z dystrybucją Linuksa: Ubuntu 18.04 TLS.
Przygotowanie do zajęć
Zalecenia dotyczące umiejętności technicznych to m.in.:
- kopiowanie plików w Terminal-u pod Linuxem (cp);
- łączenie się przez ssh i kopiowanie plików scp w systemach Linux;
- tworzenie folderów w Terminalu Linuxa (mkdir);
- znajomość definicji funkcji, zmiennej, parametru, ramki danych, kolumny lub komórki macierzy;
- tworzenie wektora i przypisanie go do zmiennej.
Dokumenty do pobrania
0. Regulamin rekrutacji i uczestnictwa w IV edycji kursu
1. Deklaracja uczestnictwa w kursie
2. Oświadczenia uczestnika projektu
3. Oświadczenie kandydata o spełnieniu warunków formalnych
4. Ankieta badająca poziom zawodowego zapotrzebowania osoby na wiedzę będącą zakresem danej formy wsparcia
5. Deklaracja prezentacji wyników po zakończeniu kursu
6. Ankieta badająca poziom przygotowania osoby po zakończeniu uczestnictwa w danej formie wsparcia
7. Zgoda na przetwarzanie danych osobowych
8. Zgoda na wykorzystanie wizerunku i głosu.
Kontakt
Kurs realizowany w latach 2018-2023 w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)” współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego, Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój. Oś priorytetowa: IV. Innowacja społeczna i współpraca ponadnarodowa Działania: 4.3 nr umowy: UDA-POWR.04.03.00-00-0054/18. Informacje dotyczące programu: https://edu-metgen.imid.med.pl/
