Omics Data Science

Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych

Dwusemestralny kurs podyplomowy prowadzony w ICM UW, który wychodzi naprzeciw rosnącym potrzebom rynku oraz świata nauki, w zakresie zatrudnienia ekspertów zajmujących się danymi omicznymi. 

Kurs dedykowany jest osobom pracującym lub planującym dalszy rozwój kariery m.in. w:

  • placówkach naukowo-badawczych,
  • przemyśle biotechnologicznym i bioinformatycznym,
  • diagnostyce medycznej,
  • placówkach klinicznych,
  • firmach farmaceutycznych,
  • ośrodkach oceny genetycznej zwierząt i roślin.

Program

Program kursu obejmuje swoim zakresem wprowadzenie do analizy danych biomedycznych, opis podstawowych narzędzi bioinformatycznych a także prezentację wyzwań współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne wykorzystanie umiejętności nabytych w trakcie ćwiczeń dedykowanych analizie danych omicznych.

Omics Data Science to 12 spotkań i ponad 200 godzin zajęć o charakterze praktycznym, które prowadzą wybitni specjaliści z najlepszych ośrodków naukowo-badawczych w Polsce. Kurs podzielony jest na dwa, stale poszerzane moduły:

I. Wprowadzenie do analizy danych wysokoprzepustowych

  • Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie
  • Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych
  • Podstawowe narzędzia informatyczne
  • Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R
  • Podstawa analizy danych genomowych
  • Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych  (Systemy wirtualizacji,  Big Data, Deep Learning )
  • Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych 

II. Praktyczne wykorzystanie analiz wysokoprzepustowych

  • Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych
  • Genomika
  • Transkryptomika*
  • Epigenomika*
  • Metagenomika / Mikrobiom
  • Proteomika 
  • Metabolomika

* Zastosowanie technik „single-cell”

Rekrutacja

Oferta kursu skierowana jest do osób zainteresowanych zagadnieniami Data Science, chcących rozwijać swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych. Do udziału w kursie może aplikować:

  •  lekarz, diagnosta laboratoryjny lub technik laboratoryjny,
  •  absolwent kierunku ścisłego lub medycyny,
  •  student po IV roku kierunków nauk ścisłych lub medycyny,
  • student innego kierunku, który podniósł swoje kwalifikacje w zakresie bioinformatyki.

Rekrutacja na Omics Data Science odbywa się zwykle na przełomie roku i trwa do wyczerpania limitu 24 miejsc (pierwsze zajęcia rozpoczynają się w lutym). 

Bliższych informacji o zapisach udziela kierownik kursu pod adresem e-mail: omics.data.science@icm.edu.pl. 

Więcej informacji, w tym Regulamin kursu, dostępny jest na stronie https://omicsdatascience.icm.edu.pl/.

Współpraca

Program kursu jest realizowany w oparciu o infrastrukturę obliczeniową Centrum Danych ICM UW. Jednocześnie implementujemy  najnowsze rozwiązania branży MedTech w zakresie analizy genomicznej, co pozwala kursantom na porównanie wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami.

Cztery pierwsze edycje kursu przeprowadziliśmy we współpracy z Zakładem Genetyki Medycznej oraz Zakładem Badań Przesiewowych i Diagnostyki Metabolicznej Instytutu Matki i Dziecka. Zajęcia w latach 2018-2023 r. odbywały się w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN), współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego, Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój. Oś priorytetowa: IV. Innowacja społeczna i współpraca ponadnarodowa Działania: 4.3 nr umowy: UDA-POWR.04.03.00-00-0054/18.

Back to top