Techniki single-cell w V edycji Omics Data Science

10 listopada 2023

Już 13 listopada startuje rekrutacja na kolejną edycję kursu „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych”. Organizatorem zajęć jest Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego.

„W programie kursu Omics Data Science integrujemy wiedzę i umiejętności praktyczne z podstawowych języków programowania oraz nauk biologicznych, z zaawansowanymi badaniami multiomicznymi. Zajęcia z analizy danych wysokoprzepustowych w genomice, transkryptomice, epigenomice, metagenomice, proteomice oraz metabolomice,  prowadzą badacze używający wspomnianych metod w codziennej pracy naukowej.  Do piątej edycji kursu dołączyliśmy również techniki single-cell, coraz powszechniej używane w badaniach biomedycznych” – informuje
dr Katarzyna Suski-Grabowski, kierownik kursu Omics Data Science, adiunkt w ICM UW.

Piąta edycja kursu odbędzie się w Warszawie, w terminie 17.02.2024 – 31.01.2025. Pierwszym etapem rekrutacji jest rejestracja kandydatów poprzez stronę internetową: https://omicsdatascience.icm.edu.pl/. Zapisy trwają od 13 listopada br. do wyczerpania limitu 24 miejsc. Zajęcia będą prowadzone w formie stacjonarnej.

Program kursu jest podzielony na dwa semestry i obejmuje ponad 200 godzin lekcyjnych wykładów i ćwiczeń, z naciskiem na zajęcia praktyczne. W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.  W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.

Omics Data Science w ICM UW łączy wykorzystanie narzędzi stosowanych w bioinformatyce z wyzwaniami współczesnej genetyki, dlatego program zajęć jest stale rozwijany we współpracy z genetykami oraz informatykami wielu specjalności. Dotychczas kadrę dydaktyczną kursu tworzyli:

  • dr Katarzyna Suski-Grabowski, adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, kierownik kursu Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych;
  • prof. dr hab. Dorota Hoffman, profesor w Zakładzie Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie, profesor w Instytucie Genetyki i Biotechnologii Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego;
  • prof. dr hab. Monika Gos, profesor w Instytucie Matki i Dziecka, kierownik Pracowni Genetyki Rozwoju;
  • prof. dr hab. Piotr Bała, profesor w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, dyrektor ds. kształcenia;
  • mgr inż. Robert Paciorek, wykładowca w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego;
  • mgr inż. Krzysztof Lasocki, specjalista IT, administracja systemami, programowaniebackend i frontend;
  • prof dr hab Robert Nowak, profesor w Instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, Kierownik Zakładu Sztucznej Inteligencji;
  • dr n. med. Mateusz Dawidziuk, starszy asystent, specjalista w Zakładzie Genetyki Medycznej – Zespół Pracowni Genetyki Molekularnej, Instytut Matki i Dziecka;
  • dr inż. Wiktor Kuśmirek, programista w Instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej;
  • mgr Grzegorz Kuśmirek, developer w BlueSoft Sp. z o.o.;
  • dr Dominika Czerniawska-Szejda, adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego;
  • dr Łukasz Górski, adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego;
  • dr Marek Nowicki, adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego;
  • dr Jarosław Piersa, programista w Camino Science;
  • mgr Roman Bogacewicz, pełnomocnik ds. ochrony danych osobowych w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego;
  • prof. dr hab. Tomasz Gambin, profesor w instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, kierownik Zespołu Bioinformatyki Big Data;
  • dr hab. Bartosz Wojtas,adiunkt w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Kierownik Pracowni Sekwencjonowania;
  • dr Michał Dąbrowski, adiunkt w Instytucie Podstaw Informatyki Polskiej Akademii Nauk i kierownik Zespołu Biologii Obliczeniowej;
  • dr Tomasz Kościółek, adiunkt w Małopolskim Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, kierownik grupy Genomiki Strukturalnej i Funkcjonalnej;
  • mgr Zuzanna Karwowska, doktorantka w Małopolskim Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego;
  • dr Dominik Cysewski, naukowiec na Uniwersytecie Medycznym w Białymstoku, kierownik At Prot.

Organizatorem kursu jest Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego. Jednostka prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.

W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:

  • zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
  • epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
  • identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
  • metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
  • systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.

Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z  Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.

Więcej informacji na stronie omicsdatascience.icm.edu.pl