Omics Data Science - Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych
“Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” to dwusemestralny kurs podyplomowy prowadzony w ICM UW, który wychodzi naprzeciw rosnącym potrzebom rynku oraz świata nauki, w zakresie zatrudnienia ekspertów zajmujących się danymi omicznymi.
Kurs dedykowany jest osobom pracującym lub planującym dalszy rozwój kariery m.in. w:
- placówkach naukowo-badawczych,
- przemyśle biotechnologicznym i bioinformatycznym,
- diagnostyce medycznej,
- placówkach klinicznych,
- firmach farmaceutycznych,
- ośrodkach oceny genetycznej zwierząt i roślin.
Program
Program kursu obejmuje swoim zakresem wprowadzenie do analizy danych biomedycznych, opis podstawowych narzędzi bioinformatycznych a także prezentację wyzwań współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne wykorzystanie umiejętności nabytych w trakcie ćwiczeń dedykowanych analizie danych omicznych.
Omics Data Science to 12 spotkań i ponad 200 godzin zajęć o charakterze praktycznym, które prowadzą wybitni specjaliści z najlepszych ośrodków naukowo-badawczych w Polsce. Kurs podzielony jest na dwa, stale poszerzane moduły:
I. Wprowadzenie do analizy danych wysokoprzepustowych
- Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie
- Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych
- Podstawowe narzędzia informatyczne
- Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R
- Podstawa analizy danych genomowych
- Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych (Systemy wirtualizacji, Big Data, Deep Learning )
- Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych
II. Praktyczne wykorzystanie analiz wysokoprzepustowych
- Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych
- Genomika
- Transkryptomika*
- Epigenomika*
- Metagenomika / Mikrobiom
- Proteomika
- Metabolomika
* Zastosowanie technik „single-cell”
Rekrutacja
Oferta kursu skierowana jest do osób zainteresowanych zagadnieniami Data Science, chcących rozwijać swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych. Do udziału w kursie może aplikować:
- lekarz, diagnosta laboratoryjny lub technik laboratoryjny,
- absolwent kierunku ścisłego lub medycyny,
- student po IV roku kierunków nauk ścisłych lub medycyny,
- student innego kierunku, który podniósł swoje kwalifikacje w zakresie bioinformatyki.
Rekrutacja na Omics Data Science odbywa się zwykle na przełomie roku i trwa do wyczerpania limitu 24 miejsc (pierwsze zajęcia rozpoczynają się w lutym).
Bliższych informacji o zapisach udziela kierownik kursu pod adresem e-mail: omics.data.science@nullicm.edu.pl.
Więcej informacji, w tym Regulamin kursu, dostępny jest na stronie https://omicsdatascience.icm.edu.pl/.
Współpraca
Program kursu jest realizowany w oparciu o infrastrukturę obliczeniową Centrum Danych ICM UW. Jednocześnie implementujemy najnowsze rozwiązania branży MedTech w zakresie analizy genomicznej, co pozwala kursantom na porównanie wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami.
Cztery pierwsze edycje kursu przeprowadziliśmy we współpracy z Zakładem Genetyki Medycznej oraz Zakładem Badań Przesiewowych i Diagnostyki Metabolicznej Instytutu Matki i Dziecka. Zajęcia do 2023 r. odbywały się w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN).
W latach 2018-2023 kurs realizowany był w ramach projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)” współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego, Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój. Oś priorytetowa: IV. Innowacja społeczna i współpraca ponadnarodowa Działania: 4.3 nr umowy: UDA-POWR.04.03.00-00-0054/18.Informacje dotyczące programu: https://edu-metgen.imid.med.pl/
