Publikacje 2005

  1. Trylska Joanna , McCammon J. Andrew , Brooks, III Charles , Exploring Assembly Energetics of the 30S Ribosomal Subunit Using an Implicit Solvent Approach W: VIth European Symposium of teh Protein Society 30 April-4 may 2005, Barcelona. Final Programs & Abstract , Barcelona, 2005
  2. Tozzini Valentina , Trylska Joanna , Minh David , McCammon Andrew , A Coarse-grained Model for Slow and Anharmonic Motions in Proteins and Macromolecular Aggregates: Applications to HIV-1 Protease and the 70S Bacterial Ribosome W: VIth European Symposium of teh Protein Society 30 April-4 may 2005, Barcelona. Final Programs & Abstract , Barcelona, 2005
  3. Trylska Joanna , Tozzini Valentina , Konecny Robert , Tama Florence , Brooks, III Charles , McCammon J. Andrew , Exploring Global Motions and Electrostatic Properties of the Ribosome W: From Molecular Biology to Biotechnology XXXII Winter School of Faculty of Biotechnology, Zakopane March 3rd-7th 2005 , Kraków, Wydawnictwo EJB, 2005
  4. Waniewski Jacek , Mathematical Models for Fluid and Solute Transport in Dialysis Therapy W: Materiały VII Sympozjum "Modelowanie i Pomiary w Medycynie" 8-12 maja 2005r. Krynica , Kraków, Wydawnictwo Katedry Metrologii AGH, 2005
  5. The proceedings of Third Polish-Japanese Days on Mathematical Approach to Nonlinear Phenomena : Modelling, Analysis and Simulations ed. Niezgódka Marek , , Tokyo Japan, Gakkotosho, 2005
  6. Plewczyński Dariusz , Tkacz Adrian , Wyrwicz Lucjan , Rychlewski Leszek , AutoMotif server: prediction of single residue post-translational modifications in proteins, BIOINFORMATICS, 2005, 21, s. 2525-2527
  7. Plewczyński Dariusz , Tkacz Adrian , Godzik Adam , Rychlewski Leszek , A SUPPORT VECTOR MACHINE APPROACH TO THE IDENTIFICATION OF PHOSPHORYLATION SITES, CELLULAR & MOLECULAR BIOLOGY LETTERS, 2005, 10, s. 73-89
  8. Ginalski Krzysztof , Zheng M , Rychlewski Leszek , Grishin N , Protein domain of unknown function DUF1023 is an alpha/beta hydrolase., PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2005, 59, s. 1-6
  9. Ginalski Krzysztof , Rychlewski Leszek , Kinch L , Grishin N , Identification of novel restriction endonuclease-like fold families among hypothetical proteins., NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2005, 33, s. 3598-3605
  10. Ginalski Krzysztof , Rychlewski Leszek , Grishin N , Godzik Adam , Practical lessons from protein structure prediction., NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2005, 33, s. 1874-1891
  11. Plewczyński Dariusz , Tkacz Adrian , Wyrwicz Lucjan , Godzik Adam , Kloczkowski Andrzej , Rychlewski Leszek , Support Vector Machine Classification of Linear Functional Motifs in Proteins., JOURNAL OF MOLECULAR MODELING, 2005, 12, s. 453-461
  12. Trylska Joanna , Tozzini Valentina , McCammon J , Exploring Global Motions and Correlations in the Ribosome, BIOPHYSICAL JOURNAL, 2005, 89, s. 1
  13. Trylska Joanna , McCammon J , Brooks Charles , Exploring Assembly Energetics of the 30S Ribosomal Subunit Using an Implicit Solvent Approach,, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2005, 127, s. 11125-11133
  14. Khalili M , Liwo A , Rakowski Franciszek , Grochowski Paweł , Scheraga H , Molecular Dynamics with the United-Residue Model of Polypeptide Chains. I. Lagrange Equations of Motion and Tests Of Numerical Stability in the Microcanonical Mode, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2005, 1, s. 1
  15. Fogtman Anna , Leluk Jacek , β - Spectrin consensus sequence construction with variable threshold parameters; verification of their usefulness; W: The International Conference Sequence-Structure-Function Relationship; Theoretical and Experimental Approaches , Warszawa, 6-10.04.2005, ICM UW, 2005
  16. Waniewski Jacek , Computer Simulation of Blood Flow and Shear Stress in a Systemic-to-Pulmonary Shunt W: Lecture Notes of the ICB Seminars , 7th Polish-Japanese Seminar on New Technologies for Future Artificial Organs) , 02-109 Warszawa, ul. Trojdena 4, PAN Międzynarodowe Centrum Biocybernetyki, 2005
  17. Sot Robert , Kurzydłowski Krzysztof , Atomic modelling of point defects in B2-RuAl, MATERIALS SCIENCE-POLAND, 2005, 23, s. 407-411
  18. Sot Robert , Kurzydłowski Krzysztof , Ab initio calculations of elastic properties of Ni3Al and TiAl under pressure, MATERIALS SCIENCE-POLAND, 2005, 23, s. 587-590
  19. Jakubiak Bogumił , Starosta Katarzyna , Multivariance URBAN SPRAWL - an analysis and modelling W: URBAN SPRAWL - WARSAW AGGLOMERATION case study , Warszawa, Warsaw University Press, 2005
  20. Brojewski Remigiusz , Jakubiak Bogumił , Jasiński J , Dynamics of a 2-Level Baroclinic Model of the Troposphere. Part 1: Thermal Bifurcation and Blocking, Journal of Theoretical and Applied Mechanics, 2005, 46, s. 131-147
  21. Brojewski Remigiusz , Jakubiak Bogumił , Jasiński J , Dynamics of a 2-Level Baroclinic Model of the Troposphere. Part 2: Impact of the Zonal Drift on Bifurcations in the Model, Journal of Theoretical and Applied Mechanics, 2005, 46, s. 203-218
  22. Sonechkin Dmitry , Brojewski Remigiusz , Ivashchenko Nadeżda , Jakubiak Bogumił , Spatial-temporal scaling of surface temperature field, Russian Meteorology and Hydrology, 2005, 7, s. 157-174
  23. Plewczyński Dariusz , Jaroszewski Łukasz , Godzik Adam , Kloczkowski Andrzej , Rychlewski Leszek , Molecular modeling of phosphorylation sites in proteins using a database of local structure segments, JOURNAL OF MOLECULAR MODELING, 2005, 11, s. 431-438
  24. Leluk Jacek , Ocena przydatności zastosowań modeli markowa w bioinformatyce W: Konferencja ,Streszczenia , Polska, 2005
  25. Leluk Jacek , Mutacje sprzężone w białkach W: Konferencja , Polska, 2005
  26. Juszczak Radosław , Leśny Jacek , Olejnik Janusz , Jakubiak Bogumił , Friesland Hans , Agrometeorologiczny system wspomagania decyzji w organizacji prac gospodarstw rolnych w Wielkopolsce - etap pierwszy tworzenia serwisu, Woda-Środowisko-Obszary Wiejskie, 2005, 5, s. 157-174
  27. Kurowska Weronika , Mizerski Jeremi , Trykozko Anna , Nowiński Krzysztof , Waniewski Jacek , Brzezińska-Rajszys Grażyna , Kościesza Andrzej , Symulacja przepływu przez zmodyfikowane połączenie Blalock-Taussig W: XI Warsztaty naukowe PTSK, Symulacja w badaniach i Rozwoju , Białystok-Augustów, Polskie Towarzystwo Symulacji Komputerowej, 2005
  28. Benedyczak K. , Wroński M. , Nowiński A. , Nowiński K. , Wypychowski J. , Bała P. , UNICORE as uniform grid environment for life sciences, Lecture Notes in Computer Science, 2005, 3470, s. 364-373
  29. Majka Arkadiusz , Wiślicki Wojciech , Equation of state for agents on graphs, KWARTALNIK NAUK O PRZEDSIĘBIORSTWIE, 2005, 48, s. 271-277
  30. Plewczyński Dariusz , Tkacz A. , Wyrwicz L. , Rychlewski L. , AutoMotif server:prediction of single residue post-translational modifications in proteins, BIOINFORMATICS, 2005, 21, s. 2525-2527
  31. Waniewski Jacek , Kurowska Weronika , Mizerski Jeremi , Trykozko Anna , Nowiński Krzysztof , Brzezińska_Rajszys Grażyna , Kościesza Andrzej , The Effects of Graft Geometry on the Patency of a Systemic-to-Pulmonary Shunt:A Computational Fluid Dynamics Study, ARTIFICIAL ORGANS, 2005, 29, s. 642-650
  32. Gokieli Maria , Varchon Nicolas , The reaction-diffusion problem on Dumpbell domains W: The proceedings of Third Polish-Japanese Days on Mathematical Approach to Nonlinear Phenomena: Modelling, Analysis and Simulations , Tokyo Japan, Gakkotosho, 2005
  33. Gokieli Maria , Varchon N. , The reaction-diffusion problem on dumpbell domains , Gakkotosho, 2005
  34. Nguyen Hung Son , Łuksza Marta , Mąkosa Ewa , Komorowski Jan , An Approach to Mining Data with Continuous Decision W: Intelligent Information Processing and Web Mining, Proceedings of the International IIS:IIPWM'05 ed. Kłopotek Mieczysław , Wierzchoń Sławomir , Trojanowski Krzysztof , , Berlin, Springer, 2005
  35. Walewski Łukasz , Bała Piotr , Elstner M , Frauenheim Th , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , SCC-DFTB Energy Barriers for Single and Double Proton Transfer Processes in the Model Molecular Systems Malonaldehyde and Porphycyne, International Journal of Quantum Chemistry, 2005, 104, s. 000
  36. Setny Piotr , Geller Maciej , Geller Maciej , Refinement of X-ray data on dual cosubstrate specifity on CK2 kinase by free energy calculations based on molecular dynamic simulation., PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2005, 58, s. 511-517
  37. Gajewska Elżbieta , Leluk Jacek , An approach to sequence similarity significance estimation W: The International Conference Sequence-Structure-Function Relationship; Theoretical and Experimental Approaches , Warszawa, 6-10.04.2005, ICM UW, 2005
  38. Gajewska Elżbieta , Leluk Jacek , Oszacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji W: Ogólnopolska Konferencja Naukowa , Kraków, 2005
  39. Fogtman Anna , Leluk Jacek , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , Konstrukcja sekwencji konsensusowych rodziny białek β-spektryn o różnych parametrach progowych oraz weryfikacja ich użyteczności W: Ogólnopolska Konferencja Naukowa , Kraków, 2005
  40. Sosińska-Kalata Barbara , Gębołyś Zdzisław , Ciesek S. , Hollender Henryk , Jazdon A. , Kodeks etyki bibliotekarza i pracownika informacji , Warszawa, SBP, 2005
  41. Gokieli Maria , Marcinkowski Leszek , Modelling phase transitions in alloys, Nonlinear Analysis Forum, 2005, 63, s. 1142-1153
  42. Piotrowski Zbigniew , Andrejczuk Mirosław , Drzewiecki Piotr , Jakubiak Bogumił , Krawczyk Jakub , Łobocki Lech , Malinowski Szymon , Smolarkiewicz Piotr , Strużewska Joanna , Numerical simulation of convective cloud fields past complex terrain, GEOPHYSICAL RESEARCH ABSTRACTS, 2005, 7, s. 07972
  43. Meglicz Agata , Leluk Jacek , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , Classification and Characterization of Natural Protein Inhibitors of Protein Kinases, CELLULAR & MOLECULAR BIOLOGY LETTERS, 2005, 10, s. 137-138
  44. Górecki Adam , Bała Piotr , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , Parallelization of the Quantum Dynamics Code for Cluster Architecture and its Applications to the Gross-Pitaevskii Equation, International Journal of Quantum Chemistry, 2005, 104, s. 0000
  45. Kuśka Jacek , Leluk Jacek , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , The variability patterns in kinase subfamiles W: The International Conference Sequence-Structure-Function Relationship; Theoretical and Experimental Approaches , Warszawa, 6-10.04.2005, ICM UW, 2005
  46. Kuśka Jacek , Leluk Jacek , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , Variability Patterns in Kinase Subfamilies W: The Ninth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, RECOMB 2005 , USA, Cambridge MA, 2005
  47. Górecki Adam , Leluk Jacek , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , Identification and Free Energy Simulations of Correlated Mutations in Proteins W: The Ninth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, RECOMB 2005 , USA, Cambridge MA, 2005
  48. Kuśka Jacek , Leluk Jacek , Lesyng Bogdan , Lesyng Bogdan , Zmienność mutacyjna w homologicznych rodzinach kinaz W: Ogólnopolska Konferencja Naukowa , Kraków, 2005
  49. Burd Aleksander , Ćwiok Mikołaj , Czyrkowski Henryk , Dąbrowski Ryszard , Dominik Wojciech , Grajda Marcin , Husejko M. , Jegier Michał , Kalicki A. , Kasprowicz Grzegorz , Kierzkowski Krzysztof , Kwiecińska Katarzyna , Mankiewicz Lech , Nawrocki Krzysztof , Pilecki Bogumił , Piotrowski Lech , Poźniak Krzysztof , Romaniuk Ryszard , Salański Rafał , Sokołowski Marcin , Szczygieł Dorota , Wrochna Grzegorz , Zabołotny Wojciech , Pi of the Sky – all-sky, real-time search for fast optical transients, NEW ASTRONOMY, 2005, 10, s. 409-416